El Consejo Rector cuenta con los siguientes integrantes:
Presidente: Consejero de Medio Ambiente.
Vicepresidente: Director General de Medio Ambiente.
Secretario: Directora del CIMA.
Vocales: 8 representantes de las diferentes Consejerías, 4 representantes de organizaciones sindicales y empresariales, 1 representante de la Cámara de Comercio y 2 representantes de la Universidad de Cantabria.
Entre las funciones del Consejo Rector, destacan:
Informar acerca de los Planes Generales de Actuación del Centro.